R1200GS的新引擎管理系統(tǒng)是使用雙氧傳感器，雙點(diǎn)火，及特別為摩托車設(shè)計(jì)的數(shù)碼/電子管理系統(tǒng)BMS-K（BMW Engine Management System）。應(yīng)用最新的技術(shù)，以最輕且緊密的微電子處理復(fù)雜的信號。燃油噴注系統(tǒng)在每個汽缸都有一支氧氣感應(yīng)器，而綜合cao作控制系統(tǒng)則負(fù)責(zé)控制引擎溫度、空氣溫度、空氣壓力等。油氣合成控制根據(jù)當(dāng)時的需要，在每一個汽缸有更精確噴射管理，令到R1200GS更省油、更環(huán)保，使駕駛條件得到改良，且更配合車手指令，而BMS-K提供自動冷車起動管理。

   雙點(diǎn)火（每汽缸雙火花塞）經(jīng)過改良后使用在新的R1200GS身上，輔助的火咀設(shè)置在缸頂外部邊緣。為了更精確的駕駛、平滑的運(yùn)行和更經(jīng)濟(jì)的耗油，雙火咀點(diǎn)燃的時間是可以編程序的，尤其是在普通與載重之間。

   新的保護(hù)引擎控制系統(tǒng)另一重要的組成部分是一支固體聲音感應(yīng)器，當(dāng)接收到電子管理系統(tǒng)的信號時，會延遲點(diǎn)火的角度和保護(hù)引擎不會受到傷害，系統(tǒng)會令燃燒比率（即壓縮比）提升到相當(dāng)高的11.0：1。R1200GS可以使用無鉛95號和普通的90號汽油（為適合不同國家的需要）。特別需要提出的，是使用不同燃料前并不需要調(diào)整，保護(hù)系統(tǒng)會自動調(diào)節(jié)點(diǎn)火角度，使引擎達(dá)至最佳狀態(tài)。